内閣官房は1月9日、特定秘密保護法（2014年12月10日施行）に基づいて、昨年末の段階で10省庁が計382件の特定秘密を指定したと発表した。行政機関別で最も多いのは、防衛省で指定件数は247件だった。
政府は「指定状況一覧表」として、内閣官房のホームページに資料を公表した。省庁ごとの件数は、以下の通り。
防衛省 247
内閣官房 49
外務省 35
警察庁 18
海上保安庁 15
公安調査庁 10
経済産業省 4
総務省 2
国家安全保障会議（日本版NSC） 1
法務省 1
内閣府、国家公安委員会、金融庁、消防庁、公安審査委員会、財務省、厚生労働省、資源エネルギー庁、原子力規制委員会の9機関は、指定がなかった。
特定秘密は「防衛」「外交」「スパイ活動防止」「テロ防止」の4分野に分かれる。分野ごとの内訳は、防衛247（すべて防衛省が指定）、外交113（外務省、内閣官房、海上保安庁など）、スパイなどの防止18（警察庁、公安調査庁）、テロ防止4（警察庁、公安調査庁）だった。
特定秘密保護法の施行まで、政府共通の秘密基準として運用されていた「特別管理秘密」は、文書や写真を1点ずつ1件と数え、2013年末現在で約47万1000件あった。特定秘密は「項目」を1件として指定しているため、件数が異なる。内閣官房は、文書数は「集計中」としている。
特定秘密保護法とは、防衛、外交、スパイ防止、テロ活動防止の4分野で、安全保障に支障をきたす恐れのある情報を「特定秘密」に指定することが柱。指定された情報は公開されず、その秘密を漏らした公務員や民間業者らには最長で懲役10年の罰則を設けている。
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