理化学研究所（理研）は、2月10日、小保方晴子・元研究員について「懲戒解雇」に相当するという見解を発表した。小保方氏は既に理研を依願退職しているため懲戒処分の対象者ではないが、仮に任期制職員として在籍しているとした場合の処分のあり方について検討を行った。実質的な処分はできないという。

STAP細胞の問題を受け、理研は関係者の処分を検討していた。論文の共著者の若山照彦氏については出勤停止相当、丹羽仁史氏は厳重注意とした。また、論文発表時に小保方氏が所属していた発生・再生科学総合研究センター（現多細胞システム形成研究センター）の竹市雅俊・元センター長は給与の10分の1（3カ月）の自主返納を行うこととした。

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